Информационно-библиографический отдел
Отдел башкирской литературы и краеведения
Отдел патентно-технической литературы
Отдел периодических изданий
Отдел межбиблиотечного абонемента
Отдел редкой и рукописной книги
Отдел литературы на иностранных языках
    Французский читальный зал
    Немецкий читальный зал
Отдел нотных изданий и звукозаписей
Центр правовой информации
Отдел общего читального зала
Отдел теории и практики библиотечного дела
Инновационный отдел
Редакционно-издательский отдел
Американский уголок
Отдел регистрации, контроля и статистики
Отдел формирования фондов
Отдел обработки и каталогов
Отдел книгохранения
Экономико-юридический отдел
Отдел новых поступлений
Отдел абонемента
ВАБИС (отдел внедрения автоматизированных библиотечно-информационных систем)